Birkemusen foretrækker ret fugtige områder med tæt vegetation og en rig insektfauna. Det kan være græsarealer, moser, lyngbakker og skrænter, hvor arten også kan finde egnede overvintringssteder. Især om efteråret ses Birkemusen også på kornmarker. Forekommer ikke i skov og meget sjældent i bebyggelse. Reden anlægges - især i udlandet - i porøse træstammer, mellem trærødder og i tør mos - eller i Danmark - i jordhuller i skrænter eller under græstuer o.a. Birkemusen får kun ét kuld om året. De 8-12 unger er i reden i     35-37 dage. Ynglebiologien er således meget forskellig fra andre arter småpattedyr. Normal aktiv ultimo april - primo oktober.

Birkemusen ser efter fødeemner.